民國50年台灣證券交易所設立，合庫銀行為配合政策、積極擔任民間投資之橋樑，於51年開辦證券經紀業務，以擴大證券經紀規模服務投資大眾，53年至96年增設10處營業據點，並於證券分公司開辦期貨交易輔助人業務。
合庫證券總、分公司設立時程如下：
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民國51年
設立台北證券總公司開辦證券經紀業務
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民國53年
增設高雄及台南分公司
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民國64年
增設台中分公司
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民國67年
增設嘉義分公司
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民國77年
開辦代銷基金業務
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民國78年
開辦證券承銷業務
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民國81年
自辦證券融資融券業務
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民國88年
增設基隆及南興分公司
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民國89年
全面開辦證券電子式下單，含網路及語音
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民國91年
證券總公司及基隆、台中、高雄等分公司開辦期貨交易輔助人業務
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民國92年
嘉義、台南、南興等分公司開辦期貨交易輔助人業務
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民國93年
與國泰期貨商簽約合作開辦期貨交易輔助人業務
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民國95年
與農民銀行合併，原農民銀行自強、東桃園、港都等三家分公司併入增設營業據點；正式成立證券部，分設企劃科、管理科、會計科
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民國96年
增設鹿港分公司
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民國98年
鹿港、東桃園、自強及港都分公司開辦期貨交易輔助人業務
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民國100年
民國100年12月1日合作金庫金控成立後，合作金庫銀行證券部門於100年12月2日正式分割成立合作金庫證券總公司及13家分公司，提供客戶更完善、更專業的服務；增設竹塹分公司
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民國101年
增設彰化分公司及鳳松分公司；南興分公司併入台南分公司；鹿港分公司併入彰化分公司
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民國102年
開辦行動下單及債券業務：港都分公司併入高雄分公司
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民國103年
開辦合作推廣保險業務及金融憑證網路報稅服務；新增興櫃電子下單功能
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民國104年
開辦受託買賣外國有價證券(複委託)業務
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民國105年
增設西台中及三重分公司；發行認購(售)權證；開辦兼營證券投資顧問業務
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民國106年
2月6日開辦兼營期貨自營業務
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民國106年
11月1日開辦國際證券業務分公司業務
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民國107年
4月9日開辦不限用途款項借貸業務
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民國107年
11月19日總公司搬遷至合庫金控暨銀行總部C棟5、6樓。
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民國107年
12月通過臺灣個人資料保護與管理制度（TPIPAS）驗證。
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民國108年
1月設置「資訊安全部」；5月31日設置公司治理主管。
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民國109年
新增「憑證快e點」服務；3月23日配合實施盤中逐筆交易制度；10月26日開辦盤中零股交易業務；12月總公司取得ISO 14064-1「溫室氣體盤查」、ISO-14001「環境管理系統」及ISO-50001「能源管理系統」驗證。
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民國110年
2月新增臨櫃開戶e服務；7月開辦定期定額業務。
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民國111年
1月新增線上信用戶開戶、與合庫銀行整合一站式線上開戶服務;4月設置「數位金融部」;8月全據點通過「ISO 14064-1溫室氣體盤查」;12月首次通過「ISO 20400永續採購管理」及「ISO 27001資訊安全管理系統」驗證。
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民國111年
取得國健署「健康職場認證-健康促進標章」。
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民國112年
6月份通過全據點溫室氣體 (ISO 14064-1)驗證；8月自強分公司櫃台服務取得BSI碳足跡環保署查證聲明書，12月取得環境部之「合作金庫證券股份有限公司-自強分公司臨櫃服務」產品碳足跡標籤證書；10月27日轉投資投顧子公司「合作金庫證券投資顧問股份有限公司」正式開業。